Что такое CGI-скрипты?

CGI - Common Gateway Interface является стандартом интерфейса (связи) внешней прикладной программы с информационным сервером типа HTTP, Web сервер. Обычно гипертекстовые документы, извлекаемые из WWW серверов, содержат статические данные. С помощью CGI можно создавать CGI-программы, называемые шлюзами, которые во взаимодействии с такими прикладными системами, как система управления базой данных, электронная таблица, деловая графика и др., смогут выдать на экран пользователя динамическую информацию. Программа-шлюз запускается WWW сервером в реальном масштабе времени. WWW сервер обеспечивает передачу запроса пользователя шлюзу, а она в свою очередь, используя средства прикладной системы, возвращает результат обработки запроса на экран пользователя. Программа-шлюз может быть закодирована на языках C/C++, Fortran, Perl, TCL, Unix Schell, Visual Basic, Apple Script. Как выполнимый модуль, она записывается в поддиректорий с именем cgi WWW сервера.

Какие действия нужно проделать, чтобы установить права на доступ к поддиректориям внутри public_html , что означает 711 (rwx--x--x) и почему без установки этих прав сайт не будет работать корректно ?

В ОС Unix (Linux) есть команда chmod - которая меняет права доступа к файлам и директориям. Соответственно, чтобы поставить права 644 к файлу test надо дать команду:

chmod 644 test

На директории, также как и на файлы, устанавливаются права доступа.
Если у пользователя есть право на чтение (r) директории, то он может просмотреть ее содержимое командой ls. С разрешением на запись в директорию (w) пользователь может создавать, удалять и редактировать файлы внутри директории. Если установлено право на запуск (x), то пользователь может войти в директорию командой cd или воспользоваться находящимися в ней файлами. Таким образом, если на директорию установлены права 711 (rwx--x--x), то это означает, что создавать, редактировать, удалять файлы и просматривать содержимое директории может только ее владелец. Использовать файлы, содержащиеся в этой директории, (запускать на выполнение, просматривать) может как ее владелец, так и другие пользователи. Установка таких прав доступа на директории внутри public_html продиктована соображениями безопасности. Если установить более мягкие ограничения на доступ к директориям, то открывается возможность несанкционированного доступа к файлам, которые в них содержатся. На cgi-скрипты (выполняемые файлы), которые должны находиться в директории public_html/cgi, следует устанавливать права 700 (rwx------), так как скрипты выполняются под UID'ом владельца.

Что означает "Права доступа к файлам 644 (rw-r--r--)" ?

Первая цифра - это полномочия владельца файла,
вторая - группы к которой относится владелец,
третья - остальных пользователей.
В данном случае: владельцу разрешен доступ на чтение и редактирование (rw) данного файла, всем остальным только чтение (r).

В какой системе счисления указаны права доступа к директориям и файлам?

В восьмеричной.

1 - x (eXecute) -- возможность исполнять данный файл;
2 - w (Write) -- возможность записи;
4 - r (Read) -- возможность чтения.

Соответственно итоговые цифры получаются путем сложения.

Как нужно поступить с .htaccess-файлом, чтобы по умолчанию (дефолтом) читались также и .shtm-файлы (т.е. сейчас в пустой папке можно положить index.htm/.html/.shtml, как в этот список добавить .shtm, .phtml (если понадобится) или .php3 и так далее.

Укажите в .htaccess директиву AddType , в параметрах которой перечислите нужные типы файлов.
Сразу заметим, что .php3 и .phtml не будут выполняться как
php-скрипты.
Все скрипты должны находиться в директории public_html/cgi, иметь расширение .cgi и права 700.

Могу ли я вставить в файл index.html SSI инструкцию и что мне надо для этого сделать?

Укажите в .htaccess директиву AddHandler server-parsed, в параметрах которой перечислите нужные типы файлов.
В данном случае директива будет выглядеть так:

AddHandler server-parsed .html

Я собираюсь у Вас держать web-сервер в кодировке koi8r. Что мне нужно для этого сделать?

Наш Apache по умолчанию настроен на выдачу контента, содержащего русский текст в кодировке win-1251.
Чтобы использовать другую кодировку, следует прописать в файл .htaccess директиву CharsetSourceEnc. Так как Вы используете кодировку koi8-r, эта директива будет иметь вид:

CharsetSourceEnc koi8-r

Где можно почитать о Apache, Perl, PHP и PostgreSQL?

http://www.apache.org (Russian Apache: http://apache.lexa.ru)
http://www.perl.org
http://www.php.net
http://www.postgresql.org

Где находиться почтовая программа у Вас на сервере?

/usr/bin/sendmail

Установлен ли на сервере XML-парсер?

Не установлен

Что лучше использовать (имеется в виду как скорость обработки, так и нагрузка на сервер) для динамической формировки/сборки страниц - ssi или php?

Обычно SSI используется для выполнения CGI, которые выполняются интерпретатором через suEXEC точно также как и скрипты PHP. Но зачастую используется много вызовов SSI на один .html, а это создает бОльшую нагрузку на сервер и работает несколько медленнее, чем PHP скрипт.

Если на Вашей страничке используются многократные вызовы CGI через SSI, лучше реализовать все одним отдельным CGI скриптом.

Какой доступ к конфигурации Apache мы получим?

Вы сможете изменять настройки Apache при помощи .htaccess

Какие ограничения на выполнение скриптов (процессорное время)?

Ответ на этот вопрос дан на этой отдельной странице.